Zunächst mal, wie Du hier im Forum sicherlich schon gelesen hast, mit E-Tix gibt es i.d.R. keine größeren Probleme.
Zu den Preisen Internet/Reisebüro. Ich bin jetzt kein Experte in Sachen Reisebüro, aber ich meine es gibt da verschiedene "Bearbeitungsgebühren" und im Ergebnis wird die Buchung im Internet billiger sein (wenn auch nicht so dramatisch, nur die Gebühren betrachtet).
Wenn Dein Reisebüro keine freien Plätze mehr hat - dann spricht doch eh alles für die Internetbuchung.
Meine Frau und ich haben jeweils einen eigenen Account bei Lufthansa - ist ja auch kein Problem.