Soweit ich weiß, kann man beim Check-In angeben, dass man das Gepäck zum gewünschten Zielort (laut Ticket) durchchecken will, auch wenn nicht alles auf einem Ticket steht.
Du musst dir übrigens im Klaren darüber sein, dass bei getrennt gebuchten Flügen du bei einer Verspätung des Transatlantikflugs keinerlei Anspruch auf Weiterbeförderung hast, solltest du den Inlandsflug am Ende verpassen.