Hi,
Du mußt einfach nur beim Check-In Deine Sky-Miles Member Card vorlegen, dann sollten die Meilen automatisch auf Dein Konto gebucht werden (kann ein paar Wochen dauern).
Bewahre Dir die Rechnungen der Hotels auf jeden Fall auf, bis die entsprechenden Meilen gutgeschrieben worden sind. Sollten diese nämlich ca 1,5 - 2 Monate nach der Abreise noch nicht auf Deinem Skymiles Account sein, setze Dich mit Delta in Verbindung. Dann mußt Du die Rechnungskopie an Delta schicken, dann sollte es eigentlich klappen.
Grundsätzlich sollte es eigentlich egal sein, wie man gebucht hat. Es kann aber durchaus sein, daß gewisse Rates von den Meilen ausgeschlossen sind. Näheres dazu findest Du bei Delta (und dann Hotelpartners) oder bei den Hotels direkt...