Wenn es zwei verschiedene Buchungen sind, würde ich es auf gar keinen Fall machen, denn erstens sind Verspätungen ggf. auch noch einzukalkulieren und zweitens würde der Anschlußflug ersatzlos verfallen, wenn Du ihn nicht erreichst.
Ich würde deswegen in jedem Fall eine durchgehende Buchung machen, dann ist die Fluglinie für eine Verspätung und den Anschlussflug verantwortlich.