Hallo,
die Chinatown-Busse kenne ich auch, habe sie dir aber extra nicht empfohlen. Will dir auch sagen, weshalb: Wenn du dich eingehend mit der von dir angegebenen Webseite beschäftigst, wirst du sehen, dass insgesamt drei verschiedene Busgesellschaften (Eastern, DoubleHappy, Dragon) nach Baltimore fahren. Die Tickets sind laut den Webseiten der Busgesellschaften nicht umtauschbar, was natürlich ungünstig wäre, wenn dein Flug Verspätung hat oder du nicht schnell genug durch die Einreise / Zoll und nach Manhattan kommst bzw. im ungekehrten Fall eine sehr lange Aufenthaltszeit dort bescherrt. Restkarten sind aber vor Ort noch erhältlich, also würde ich wenn überhaupt dann diese Variante nutzen, zumal die Busse ja sehr häufig fahren. Ich würde auch davon ausgehen, dass an "normalen" Tagen immer noch ein paar Plätze frei sind.
Zweites Problem: Jede Gesellschaft fährt an einer anderen Stelle in Manhattan ab, was wahrscheinlich auch die Ungenauigkeit bei deinen Karten bzw. im Reiseführer erklärt. Das heißt du musst noch mal genau schauen, wo welche Gesellschaft abfährt (Eastern: 7th Ave & 42nd St - DoubleHappy: 34th & Broadway - Dragon: 32nd & Broadway). Diese Haltestellen liegen alle in der Nähe des Madison Square Garden bzw. Times Square und sind meiner Meinung nach geeigneter als die Stationen in Chinatown.
Vom JFK kommst du am besten dorthin (mit öffentlichen Verkehrsmitteln), wenn du den Airtrain bis zur U-Bahn-Station Howard Beach nimmst und dort die Subway-Linie A Richtung Manhattan nimmst. Dort steigst du dann entweder 34th Straße oder 42th Straße aus (je nach Busgesellschaft).
Zu den Haltestellen in Chinatown kommst du besser, wenn du mit dem Airtrain zur Station Jamaica fährst und dort in die Subway-Linie F steigst und bis East Broadway fährst. Achte aber darauf, dass die Dragon Busse dort nicht abfahren.
Das heißt also, du solltest dir unbedingt einen guten Stadtplan mitnehmen und dir Fahrpläne ausdrucken, damit du vor Ort weißt, wann du zu welcher Zeit an welchem Ort sein musst. Ach ja, und du darfst neben dem Handgepäck (enger definiert als im Flugzeug: keine Trolleys oder größere Rucksäcke) nur ein Gepäckstück dabei haben.