Ok, nehmen wir einmal an, du bist zu Fuß unterwegs.
Gehe vom Union Square die paar Blocks runter zur Market Street und besorg dir das schon angesprochene Tagesticket. Damit kannst du mit der Cable Car, Busse, Straßenbahnen, U-Bahnen der Muni und auch mit der historischen Straßenbahn Linie F fahren.
Nun hast du folgende Programmpunkte, die möglich sind (Reihenfolge, wie sie mir gerade in den Kopf kommen):
Fisherman's Wharf, Pier 39 (erreichbar mit Cable Car oder Linie F)
Coit Tower (fährt auch ein Bus hoch)
Chinatown (kann mit Cable Car erreicht werden)
Golden Gate Bridge (man kann sich am Wharf Fahrräder leihen oder zu Fuß hinlaufen. zu Fuß: eine Stunde pro Richtung, Bike eine halbe)
Alamo Square (fährt ein Bus hin)
von hier aus kann man auch zu Fuß Richtung Golden Gate Park, durch diesen durch und mit der Straßenbahn Linie N wieder zurück in die Stadt
Ist man mit dem Auto unterwegs, gibt's natürlich am Wharf einige Parkplatzprobleme. Oder du stellst dich in ein (sehr teures) Parkhaus.
Coit Tower, Golden Gate Bridge gibt es zwar Parkplätze, doch auch meist hoffnungslos überlaufen.
An einem Sonntag kannst du glaube ich nicht durch den GGPark fahren, weil die Straßen Sonntags gesperrt sind.
Alamo Square ist wohl auch mit dem Parken nicht unbedingt so gut. Ist eine Wohngegend und der Platz ist recht bekannt, so dass ich denke, dass Sonntags und bei schönem Wetter da jede Menge Ausflügler hinfahren.