Viele Fragen, hier einige Antworten:
zu den Traveller-Schecks, ja, die werden wirklich überall akzeptiert, gerade in den Hostels und Motels. Sie m.E. aber nicht unbedingt wichtig, ich bleibe bei meiner Kreditkarte und das ist es.
Die Route ist so wie sie dort aufgeschrieben ist eigentlich ganz gut, eine klassische Rundreise. Könnte sich intern vielleicht verschieben, wenn man z.B. nicht so auf LA steht, dafür z.B. länger in Las Vegas bleibt.
Ein gutes Hotel werdet Ihr dort bestimmt ohne weitere Probleme finden, ich würde aber schon vorab mal bei expedia prüfen, was man denn zu Eurer Reisezeit so zahl (Convention?) und die Ergebnisse als Anahltspunkt benutzen. Ansonsten gelten die Coupon-Books am Wegesrand (Tankstellen, Motels etc.) als Anhaltspunkt. Vorbuchen würde ich nur, wenn ich mir sicher wäre, wann ich an welchem Ort bin. Das scheint mir bei Euch nicht so sicher zu sein und ich denke das ist auch okay, wenn man etwas flexibler sein möchte.
Zu Eurer Reisezeit dürftet Ihr auch in Flagstaff kein Problem haben, die amerikanische Reisezeit beginnt etwas später, jeweils so um Anfang Juni.
Mit dem Tioga-Pass bin ich mir nicht so sicher, aber da gibt es hier gute Spezialisten...