Mit in der Zusammenstellung sind aber auch kleine Clips aus anderen Quellen (z.B. AVIs aus Blufftitler für die Einblendung des Datums)
Nicht schlecht geraten...
Das sollte der Rendervorgang aber eigentlich alles auf 720er Auflösung mit 50 Vollbildern runter oder hochrechnen und so ists ja auch wie man am Media-Info vom MKV sieht.
Genau daran geht es (wahrscheinlich) kaputt. Man kann nicht verschiedene Videoschnipsel mit verschiedenen Framerates mischen, das geht in die Hose. Man kann nicht einmal die Framerate umrechnen, das führt unweigerlich zu Stolperern. Ich weiß auch nicht, was der Renderer mit verschieden aufgelösten Videos macht.
Die Media-Info vom MKV zeigt nur die sog. "Header-Information" an. Aber was letztendlich wirklich im Videostream steht, ist genau die Frage (und möglicherweise genau das Problem). Das kann ggf. ein Videoplayer (VLC oder so) beim Abspielen noch retten, in dem er einfach den an sich ungültigen Stream durchroutet. Aber wenn man darauf noch einmal einen TSMuxer drauf setzt, dann nimmt er die Header Information und teilt das ganze Set in physikalische Blocks bestimmter Größe auf (das wird vom Format für Blu Rays vorgegeben, das ist ein ISO/UDF Format 1.02 oder so und hat bestimmte Blocklängen) und spätestens dort wird der TSMuxer ggf. irgendwelche "Slack Bytes" einfügen. Dass das vom TSMuxer erzeugte ISO nicht mehr funktioniert, ist so zumindest sehr verständlich.
Es wird Dir nichts anderes übrig bleiben, als:
a) entweder diese "falschen" Schnipsel herauszunehmen, die einzelnen Videos müssen unbedingt mit gleicher Auflösung und Framerate gedreht worden sein
b) oder einfach die MKV Datei via USB Stick publizieren (kostet ja auch nicht die Welt, soll sich jeder herunterkopieren und den Stick weiterschicken), die allemeisten Blu Ray Player können via USB auch MKV wiedergeben. Vielleich benötigt ja niemand eine echte Blu Ray.
Aber die grundsätzliche Ursache ist mit sehr hoher Wahrscheinlichkeit die Tatsache, dass Du Videos mit verschiedener Auflösung und Framerate gemixt hast. Ich kenne keinen einzigen Renderer, der da ein wirklich ruckelfreies Video draus generiert und beim Abspielen des MKV wird möglicherweise on the fly die Framerate angepasst, aber spätestens der TSMuxer erzeugt einen unbrauchbaren Stream.