ja - das gibt es häufiger (z.B auch bei Lufthansa miles & more).
Die Begründung: Reisebüros haben Spezialtraife, die so hohe Rabatte haben, dass man keine Meilen gutgeschrieben bekommt.
Bei anderen Vielfliegerprogrammen (z.B. Swiss travel club) wurden mir aber auch schon mal Meilen für Mietwagen gutgeschrieben, obwohl ich über ein Reisebüro gebucht habe.
Ein Tip: Bei alamo.de oder avis.de gibt es zur Zeit Urlaubsangebote für die USA (inkl. Zusatzversicherungen), die von den Bedingungen her mit den Reisebüroangeboten vergleichbar sind. Dann werden dir die Meilen sicherlich gutgeschrieben.
Gruss Tom