Nimm FW, San Francisco ist so kompakt, da spielt es keine Rolle nicht im Zentrum zu sein. Mit dem Bus sind es unter 10 Minuten in die Innenstadt, mit der Bimmelbahn ebenso.
Dazu ein Tipp: Wenn man von Deutschland nach SanFrancisco fliegt, kann man am nächsten Tag normalerweise ab 5 - 6 Uhr morgens eh nicht mehr schlafen. Wenn du dann am FW ein Hotel hast, geh gleich aus dem Haus und spaziere um die Uhrzeit über den FW. Dann ist da keine Menschenseele und dann ist es wirklich umwerfend.
Falls es doch Downtown sein muss, würde ich US East vorziehen.