Die "Bay Cruise" kann ich insofern empfehlen, da sie bis unter die Golden Gate führt und man so einen Ausblick auf die GG hat, den man sonst nicht kennt.
Auf dem Rückweg fährt man dann ganz langsam um Alcatraz herum/dran vorbei.
Ansonsten ist der Citypass innerhalb 5 Tagen nicht komplett "abzufeiern", so viel ist da drin... aber selbst wenn man 1-3 Optionen auslässt, lohnt er sich schon (Muni, Bay Cruise und einer der Museumseintritte würden schon mehr kosten).