Ich würde sagen, ja, Anfang September ist eine bessere Zeit für die Reise, aber idealerweise dann in der umgekehrten Reihenfolge und zwar wegen der Blätterfärbung.
Zwar gibt es auch in den Rocky Mountains und im Yellowstone gefärbte Bäume, aber so richtig schön soll sich der goldene Herbst in Neuengland zeigen - und dann wäre es am besten, dort möglichst spät anzukommen, um möglichst viel von der Laubfärbung zu erleben.
Ende September würde ich aber nicht mehr Richtung Yellowstone fahren, weil dann schon viele Unterkünfte geschlossen sind, weil die Hauptsaison vorbei ist.
Ideal wäre wohl wirklich Anfang/Mitte Sept. ab Yellowstone und dann gegen Ende/September/Anfang Oktober in Neuengland ankommen.
Vorteile: Im Sep soll es durchschnittlich besseres Wetter als im Juni im Yellowstone geben. Deswegen fahre ich da auch übernächste Woche erst hin.
Weiterer Vorteil, ab Labor Day beginnt die am. Schule wieder und es wird deutlich ruhiger als im Juni
Und noch ein Vorteil: Die Laubfärbung. Vielleicht hast du sogar schon in den Rockies ein wenig Glück, denn in den höheren Regionen beginnt die Laubfärbung auch früher.