Die Verbindungen zwischen den größeren Städten in der Bay Area sind tatsächlich recht gut mit Caltrain und Underground gegeben.
Bin selbst mit dem Caltrain von SF nach San Jose gefahren, geht gut, aber San Jose/Silicon Valley ohne Auto kannst Du komplett vergessen. Natürlich fahren auch Busse und auch Caltrain geht, aber man sollte diese Stationen nicht mit den innerstädtischen unserer Bahn verwechseln (denn Bahnhof San Jose errinnere ich deutlich entfernt vom Stadtzentrum). Dann ist erstmal laufen angesagt.
Fazit: Miet Dir ein Rad.