Ich kenne beides ziemlich gut.
Das Museum of Science ist sehr stark auf Kinder ausgerichtet und schneidet meiner Ansicht nach im Vergleich mit dem Deutschen Museum in München eher dürftig ab. Eine geeignete Unternehmung bei schlechtem Wetter ist der Besuch aber allemal.
Das New England Aquarium fand ich sehr enttäuschend. Es ist eng (was besonders bei hohem Besucherandrang am Wochenende stört), der Eintritt ist teuer und es gibt überraschend wenig zu sehen. Außerdem ist alles nicht so liebevoll gestaltet wie z.B. im Monterey Bay Aquarium (gut, das ist natrülich eine ganz andere Ecke).