Es hängt viel davon ab, wie lange Du das Fahrzeug brauchst.
Wenn Du mit der sofortigen Anmietung extra Tage bezahlen mußt, weil Du z.B. 2 Wochen und 2 Tage den Wagen brauchst und Du Dir diese 2 Tage sparen kannst, dann kann ich nur sagen: mach SFO zu Fuß (wurde schon viel diskutiert), wenn es ohnehin mit drin ist (in den 2 Wochen), dann kannst Du ihn von daher nehmen, aber daran denken, daß SFO viel Geld für Parken beansprucht (ich rechne immer rd. 15$ / Tag im Hotel und 8$ für parken irgendwo in der Stadt).
Extra rausfahren zum Flughafen kostet auch Geld, ergo mußt Du einfach rechnen (und den Aufwand mit den Koffern bedenken).
Die beiden Alamo- Stationen Union Square und Bush Str. sind absolut o.k., insb. letztere ist auch nachts kein Problem.