Die genannten Bezirke sind alle MIDTOWN. Von dort hat man optimalen Zugang zu sämtlichen Nahverkehrsoptionen.
Grundsätzlich ist alles innerhalb Manhattans strategisch in Ordnung, denn Manhattan ist ja recht klein und dort sind die wesentlichen Sehenswürdigkeiten.
Ich empfinde eine Unterkunft zwischen
im Süden: 42nd Street
im Norden: 59th Street (nennt sich Central Park South)
im Osten: 8th Avenue
im Westen: Park Avenue
als optimal. Da ist man so richtig Mitten in Midtown. Dort sind auch die meisten Hotels und die ganzen Broadwaytheater.
Sofern Du Dich noch nicht mit dem Rastersystem der Straßen befasst hast, dann mach das zuerst. Du kannst dann jedwede Location eines Hotels (abseits vom Village, wo die Straßen keine Nummern, sondern Namen haben und nicht im Gitternetz verlaufen) eine schnelle Vorstellung, wo etwas liegt.
Alle Transportoptionen ab/nach JFK findest Du hier:
http://gonyc.about.com/cs/airlinesairports/a/getto_jfk.htm (wurde im Forum auch schon oft behandelt; einfach mal die Suche bemühen
)