Ich habe noch keine Fluggesellschaft erlebt, "die das Gesicht verzieht", wenn eine Familie mit Kleinkindern an Bord kommt, wohl aber Mitreisende, die nicht zu begeistert davon waren. Wahrscheinlich hatten die in der Vergangenheit schlechte Erfahrungen gemacht. Wie schon gesagt, es kommt auf die Kinder an. Wenn die sich benehmen gibt es keine Probleme.
Der Service der Fluggesellschaften ist ziemlich standardisiert, der unterscheidet sich von Airline zu Airline nicht wesentlich. Mal sind die Spielzeuge etwas netter, aber das scheint auch eher vom diensthabenden Einkäufer abzuhängen als von der Politik der entsprechenden Airline. Ob Du den Buggy mit ans Gate nehmen kannst, entscheidet der Flughafen, nicht die Airline. Wenn es also einmal in MUC möglich war, wird es auch beim nächsten Mal gehen, egal mit wem Du fliegst.
Familien Check-in kenne ich gar nicht, hatten wir noch nie, egal welcher Flughafen oder welche Airline. Meistens werden Familien mit Kleinkindern (bis ca. 6 Jahre) aber beim Boarden bevorzugt. Das hängt aber anscheinend auch von der diensthabenden ground crew ab, es wird selbst innerhalb einer Fluggesellschaft unterschiedlich gehandhabt. Meistens machen sie's, manchmal nicht.
Grundsätzlich sollte man die Sache einfach nüchtern sehen und nicht zuviel erwarten, wenn's besser ist, ist's gut, wenn nicht, ist auch nicht schlimm.