Den zweiten Sicherheitscheck gibts nur bei Abflüge aus dem LH-Bereich.
Das kommt daher, daß nach einer Sicherheitskontrolle für die USA keine Ankünfte aus Non-Schengen-Staaten sein dürfen (sozusagen Umsteigen ohne Sicherheitskontrolle).
Dies war bis vor kurzem auch in Frankfurt der Fall, als die meisten USA-Flüge nach USA von T1/Halle B abgingen. Nach der ersten Sicherheitskontrolle gab es halt Ankünfte aus Non-Schengen-Staaten und somit musste eine zweite Sicherheitskontrolle her.
Seit dem Umzug der USA-Flüge in Halle A/C konnte diese entfallen, da dort nur Schengen-Flüge ankommen.
Genauso ist es in München. Im T2 kommt halt alles an, was zu LH gehört und somit ist dort leider eine zweite Sicherheitskontrolle nötig, die im T1 entfallen kann (Umsteiger kommen hier nicht direkt zum nächsten Flieger).