Wenn ich das richtig im Kopf habe, besagt für das Gepäck die "most significant carrier"-Regel, dass für alle Flüge auf einem Ticket die Bedingungen der Airline gelten, die den "wichtigsten" Flug ausführt. Dieser ist nach den Regeln als der erste Flug definiert, der eine IATA-Zone überquert, also z.B. von Europa nach Nordamerika geht. Dementsprechend gelten die Regeln der LH für alle Flüge auf Deinem Ticket.
United bzw. Continental sehen das auch in ihren Systemen, und da Du in JFK am Automaten einchecken musst, weiß der Computer, dass der JFK-SFO-Flug Bestandteil eines internationalen Tickets ist und verwendet dementsprechend automatisch die richtigen Gepäckbestimmungen.
Viele Grüße - Dirk