Eigentlich müßte es reichen, Eure Skymiles Karte beim Check-In vorzulegen, damit die Meilen automatisch gutgeschrieben werden.
In Hotels habe ich noch keine Meilen gesammelt, aber ich habe irgendwo auf der Delta Homepage gelesen, daß es bis zu 90 Tage dauern kann, bis die meilen von den Partnern (Hotel, Mietwagen,...) gutgeschrieben worden sind.
Bei Leihwagen hat es bei mir und meinen Eltern immer einwandfrei geklappt (auch bei AVIS, Dollar, Alamo, e-sixt).
Auf jeden Fall solltet Ihr die Hotelrechnungen und Mietvertrag aufbewahren, um die Sachen evtl. nachher nachzureichen. Details dazu gibts auf der Delta Homepage bei den FAQ.
Ihr könnte ja online verfolgen, ob die Meilen schon auf Eurem Konto gutgeschrieben worden sind (und teilt die Meilen auch auf beide Konten auf, damit es bei jedem was abgibt
)