Ich finde Biggi's Vorschlag gar nicht mal so verkehrt. San Francisco ist wirklich relativ überschaubar und man kann alles sehr gut mit öffentlichen Verkehrsmitteln erreichen.
Cable Cars - sicher gehört eine Fahrt mit den Cable Cars zu San Francisco dazu, einfach der Fahrt wegen. Da man an der Endstelle je nach Jahres- und Tageszeit etwas länger anstehen muss, lohnt sich die Bahn nicht unbedingt, wenn man mal schnell wo hin muss, aber fehlen sollte sie auf keinen Fall.
Meine Lieblingslinie ist dabei die Powell/Hyde Line. Startet zusammen mit der Powell/Mason Linien an der Market Street Ecke Powell und führt dann hinterm Union Square die berühmten Hügeln empor. Sie ist meine Lieblingslinie, weil sie 1. am längsten fährt, 2. ich die begrünte Hyde Street lieber mag als die Mason Street und 3. kommt sie auch noch an einigen schönen Punkten vorbei, z.B. oberhalb der Lombard Street, dahinter das steilste Stück der Cable Cars die Hyde Street hinunter mit super Blick auf die Bay und am schönen Häuschen Hyde/Francisco Street vorbei.
Daher würde ich es so angehen: Am ersten Tag, wenn möglich, zum Visitor Center Powell/Market Street und einen Mehrtagespass für die Muni gekauft und gleich mit Stadtplänen für die Hosentasche eingedeckt. Stadtpläne gibt's teilweise auch in der Mitte von Werbeheftchen, die überall am Fisherman's Wharf ausliegen.
Dann an Tag zwei ist Downtown dran. Fahrt mit der Cable Car und danach Fisherman's Wharf, Pier 39, Canary Wharf, Lombard Street, Coit Tower, Filbert Steps, Chinatown, Financial District mit der berühmten Transamerica Pyramide.
An Tag 3 unbedingt mit dem Auto zur Golden Gate Bridge (wer mehr Zeit hat, fährt dort mit dem Fahrrad hin), Alamo Square und Twin Peaks.
http://www.mk-urlaub.de/info/usa/california/san-francisco/