Ja, Gimp kann das genau so gut. Das Werkzeug heißt dort auch "Reparaturwerkzeug", ist aber kein Pinsel sondern ein Pflaster (passt ja auch).
Es wird allerdings schon Gefriemel, weil man es schlecht automatisieren kann. Sind doch wirklich viele Flecken. Es gibt in Gimp auch einen eigenen Filter "Fleckenentfernung" (der ist extrar für solche Dinge gedacht), aber der verändert das Bild doch schon sehr, je nachdem, wie er eingestellt ist. Handarbeit ist präziser.
Die "Tiefenaufhellung" kann ich übrigens nicht empfehlen, wie man sieht, ist der Himmel dadurch zu hell geworden (auch die "Gischt" ist aufgehellt). Bei meinem Versuch sind nur die Flecken entfernt.