Für den ersten Teil verweise auch ich auf tripadvisor etc., auch wenn das vielleicht nicht besonders charmant ist. Aber die individuellen Ansprüche an "relativ preiswert" und was das Hotel dann bieten soll sind so unterschiedlich.
In San Francisco würde ich auf jeden Fall relativ zentral wohnen wollen. Dann kann man auch mal das Auto stehen lassen (wird in diesem Forum gerade an anderer Stelle eifrig diskutiert ...). Die großen Städte / Verdichtungsräume in USA sind so groß, dass es keinen Spaß macht, immer rein und raus zu fahren, zumal der Verkehrskollaps in der rush hour noch dazu kommt. SF ist außerdem eine Stadt, die sich zu Fuß / mit öffentlichen Verkehrsmittel auch ganz gut erschließen lässt (wenn man bereit ist, sich ein bisschen die Hacken abzulaufen) und an vielen hot spots ein Parkplatzproblem hat. Die Hotels in der Stadt sind allerdings meist keine Sonderangebote. Gern empfohlen werden hier Hotels in der Nähe von Fisherman's Wharf und an der Lombard Street, wir haben 2013 (recht teuer, war aber auch grad America's Cup) im Holiday Inn Golden Gateway an der Van Ness logiert und waren zufrieden (Parkplatz im Hotel kostet allerdings mit $40 soviel wie anderswo ein Zimmer...). Lage fanden wir astrein, außerdem ist die Gegend ziemlich "safe", was dort so ein Thema ist. Das muss erstmal reichen, bin wahrlich kein Experte.
LA ist ein anderer Schnack. Die Stadt, bzw. der zugehörige Siedlungsteppich ist so groß, dass man gar nicht außerhalb wohnen kann ... (Allein die Los Angeles Metropolitan Area ist unwesentlich kleiner als Schleswig-Holstein, und dann ist lange noch nicht Schluss mit urbanen Strukturen). Entsprechend ist auch die einheimische Bevölkerung ständig mit dem Auto unterwegs, was zu interessanten Verkehrsverhältnissen führen kann. Wir fanden: nichts für schwache Nerven. Dort hatten wir eine Ferienwohnung (naja, Zimmer mit Gemeinschaftsküche trifft's eher) in Silver Lake in der Nähe der Kreuzung Sunset / Santa Monica Blvd und fanden die Lage prima, weil man wenigstens zu Fuß zum Essen gehen konnte. Wenige Blocks weiter kreiste zwar der Polizeihubschrauber, aber dort war's sehr nett.
Ist sowieso frappierend in US-Cities, wie unvermittelt "gute" und "schlechte" Gegenden aneinander stoßen. Zu diesem Thema Sicherheit in US Cities fand ich wikitravel.org ganz hilfreich, insbesondere die englische Version, aber mit Einschränkungen auch die deutsche (wikitravel.org/de).
Die Wahl der Unterkunft, gerade im Großraum LA, hängt natürlich auch maßgeblich davon ab, was man gerne dort anschauen will (Strand, Vergnügungsparks, Architektur, Hollywood ...). Karte studieren und die Entfernungen nicht unterschätzen.